La fonction de juge d’instruction est assurée dans le tribunal militaire par un ou plusieurs juges du rang de juge d’instruction appartenant au cadre des juridictions judiciaires (cad l’équivalent du quatrième degré et plus, selon les derniers amendements de la loi des juridictions judiciaires) ou par un ou plusieurs officiers licenciés en droit.

A noter que la loi ne précise pas le rang des officiers licenciés en droit qui peuvent être nommés. Par analogie à l’article huit de cette loi, il est préférable la hiérarchie et l’ancienneté et de choisir pour juge d’instruction un officier licencié en droit d’un rang plus haut que celui du défendeur.

Reste à signaler que le siège du bureau d’instruction militaire se trouve au tribunal militaire permanent.

A noter également qu’il existe auprès du tribunal militaire un premier juge d’instruction auquel les actions sont transférées par le commissaire du gouvernement, comme c’est le cas pour les juridictions judiciaires.