يتألّف القضاء العسكري من: محكمة التمييز العسكرية، المحكمة العسكرية الدائمة، والقاضي العسكري المنفرد.
يكون مركز محكمة التمييز العسكرية والمحكمة العسكرية الدائمة في بيروت، إنما يمكن لوزير الدفاع الوطني -بعد أخذ رأي السلطة العسكرية العليا- تغيير مركزيهما، كما أنه يمكن إنشاء محاكم عسكرية مؤقّتة إستثنائياً في زمن الحرب بمرسوم يتخذ في مجلس الوزراء بناء على إقتراح وزير الدفاع ، ويعيَن في هذا المرسوم الخاص مركز هذه المحاكم وإختصاصها.

محكمة التمييز العسكرية

يختلف تأليف محكمة التمييز العسكرية في القضايا الجنائية عنه في القضاية الجنحية:
في القضايا الجنائية: ينصّ قانون القضاء العسكري على أن تتألّف محكمة التمييز من قاضٍ من ملاك القضاء العدلي من الدرجة السابعة وما فوق (أي ما يوازي الدرجة العاشرة فما فوق، وفقاً للتعديلات الاخيرة لقانون القضاء العدلي)، رئيساً، يعاونه أربعة ضباط أعضاء من رتبة مقدم وما فوق.
في القضايا الجنحية: ينصّ قانون القضاء العسكري على أن تتألف محكمة التمييز من قاضٍ من ملاك القضاء العدلي من الدرجة السابعة وما فوق (أي ما يوازي الدرجة العاشرة فما فوق، وفقاً للتعديلات الاخيرة لقانون القضاء العدلي)، رئيساً، ومن ضابطين عضوين من رتبة مقدم وما فوق.
ويجوز إستثنائياً في زمن الحرب أن يرأس محكمة التمييز العسكرية في المواد الجنائية والجنحية ضابط من رتبة عقيد وما فوق على أن يكون احد المستشارين فيها قاض من ملاك القضاء العدلي من الدرجة السابعة وما فوق (أي ما يوازي الدرجة العاشرة فما فوق، وفقاً للتعديلات الاخيرة لقانون القضاء العدلي).
يقوم بانتداب القضاة العدليين ورئيس محكمة التمييز العسكرية، الرئيس الأول لمحكمة التمييز العدلية.


المحكمة العسكرية الدائمة

على غرار محكمة التمييز العسكرية يختلف تأليف المحكمة العسكرية الدائمة بين القضايا الجنائية والقضايا الجنحية.
في القضايا الجنائية: ينصّ قانون القضاء العسكري على أن تتألف المحكمة العسكرية الدائمة من ضابط برتبة مقدم وما فوق رئيساً ومن أربعة أعضاء أحدهم قاضٍ من ملاك القضاء العدلي من الدرجة الثالثة عشرة وما فوق (أي ما يوازي الدرجة الرابعة فما فوق، وفقاً للتعديلات الاخيرة لقانون القضاء العدلي) وثلاثة ضباط من رتبة أقل من رتبة الرئيس.
في القضايا الجنحية: ينصّ قانون القضاء العسكري على أن تتألف المحكمة العسكرية من ضابط لا تقل رتبته عن رتبة مقدم وما فوق رئيساً ومن عضوين أحدهما قاض من الدرجة الثالثة عشر وما فوق (أي ما يوازي الدرجة الرابعة فما فوق، وفقاً للتعديلات الاخيرة لقانون القضاء العدلي) وضابط دون الرئيس رتبةً.
يمكن تشكيل هيئات إحتياطية من القضاة المعيّنين لدى المحكمة العسكرية ، للنظر بالدعاوى التي تحال إليها ، ويؤمّن رئيس الهيئة الأصلية توزيع الدعاوى والأعمال على مختلف الهيئات .


القضاة العسكريون المنفردون

يتولى القضاء العسكري المنفرد قضاة من ملاك القضاء العدلي غير أنه يمكن تعيينهم من الضباط المجازين في الحقوق من رتبة ملازم أول وما فوق.  كما يمكن تعيين قضاة منفردين من الضباط غير المجازين في الحقوق. ويوجد قاض منفرد في كل محافظة ينظر في المخالفات كافة والجنح المنصوص عليها في قانون السير التي يرتكبها ضمن نطاق المحافظة أشخاص يخضعهم هذا القانون للقضاء العسكري والجنح الأخرى التي هي من صلاحية القضاء العسكري، اذا كانت عقوبتها لا تتعدى الغرامة او السجن حتى سنة او هاتين العقوبتين معاً.